# Ligand not planar after energy minimisation **URL:** \ **Category:** User discussions\ **Created:** [October 9, 2023, 7:06am UTC](https://gromacs.bioexcel.eu/t/ligand-not-planar-after-energy-minimisation/7351 "2023-10-09T07:06:36Z")\ **Posts on this page:** 1\ **Page:** 1
**Author:** ![Catherine](https://avatars.discourse-cdn.com/v4/letter/c/c67d28/32.png) [@Catherine](https://gromacs.bioexcel.eu/u/Catherine)\ **Post date:** [October 9, 2023, 7:06am UTC](https://gromacs.bioexcel.eu/t/ligand-not-planar-after-energy-minimisation/7351/1 "2023-10-09T07:06:36Z")
GROMACS version: 2021.4 GROMACS modification: No I am using Amber99 parmbsc0 forcefield for DNA and I prepared the ligand topology using GAFF from acpype webserver. After energy minimisation the ligand which is aromatic is losing its planarity. This is the ligand topology [moleculetype] ; Name nrexcl UNL 3 [atoms] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond\_type 1 CA 1 UNL C 1 -0.127000 12.01000 ; qtot -0.127 2 CA 1 UNL C1 2 -0.127000 12.01000 ; qtot -0.254 3 CA 1 UNL C2 3 -0.118000 12.01000 ; qtot -0.372 4 CA 1 UNL C3 4 -0.034000 12.01000 ; qtot -0.406 5 CA 1 UNL C4 5 -0.118000 12.01000 ; qtot -0.524 6 CA 1 UNL C5 6 -0.034000 12.01000 ; qtot -0.558 7 CA 1 UNL C6 7 -0.107000 12.01000 ; qtot -0.665 8 CA 1 UNL C7 8 -0.034000 12.01000 ; qtot -0.699 9 CA 1 UNL C8 9 -0.107000 12.01000 ; qtot -0.806 10 CA 1 UNL C9 10 -0.034000 12.01000 ; qtot -0.840 11 CA 1 UNL C10 11 -0.118000 12.01000 ; qtot -0.958 12 CA 1 UNL C11 12 -0.127000 12.01000 ; qtot -1.085 13 CA 1 UNL C12 13 -0.127000 12.01000 ; qtot -1.212 14 CA 1 UNL C13 14 -0.118000 12.01000 ; qtot -1.330 15 HA 1 UNL H 15 0.132000 1.00800 ; qtot -1.198 16 HA 1 UNL H1 16 0.132000 1.00800 ; qtot -1.066 17 HA 1 UNL H2 17 0.132000 1.00800 ; qtot -0.934 18 HA 1 UNL H3 18 0.132000 1.00800 ; qtot -0.802 19 HA 1 UNL H4 19 0.137000 1.00800 ; qtot -0.665 20 HA 1 UNL H5 20 0.137000 1.00800 ; qtot -0.528 21 HA 1 UNL H6 21 0.132000 1.00800 ; qtot -0.396 22 HA 1 UNL H7 22 0.132000 1.00800 ; qtot -0.264 23 HA 1 UNL H8 23 0.132000 1.00800 ; qtot -0.132 24 HA 1 UNL H9 24 0.132000 1.00800 ; qtot 0.000 [bonds] ; ai aj funct r k 1 2 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C - C1 1 5 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C - C4 1 15 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C - H 2 3 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C1 - C2 2 16 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C1 - H1 3 4 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C2 - C3 3 17 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C2 - H2 4 6 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C3 - C5 4 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C3 - C6 5 6 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C4 - C5 5 18 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C4 - H3 6 9 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C5 - C8 7 8 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C6 - C7 7 19 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C6 - H4 8 10 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C9 8 11 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C10 9 10 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C8 - C9 9 20 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C8 - H5 10 14 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C9 - C13 11 12 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C10 - C11 11 21 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C10 - H6 12 13 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C11 - C12 12 22 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C11 - H7 13 14 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C12 - C13 13 23 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C12 - H8 14 24 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C13 - H9 [pairs] ; ai aj funct 1 4 1 ; C - C3 1 9 1 ; C - C8 1 17 1 ; C - H2 2 6 1 ; C1 - C5 2 7 1 ; C1 - C6 2 18 1 ; C1 - H3 3 8 1 ; C2 - C7 3 9 1 ; C2 - C8 3 19 1 ; C2 - H4 4 10 1 ; C3 - C9 4 11 1 ; C3 - C10 4 16 1 ; C3 - H1 4 18 1 ; C3 - H3 4 20 1 ; C3 - H5 5 3 1 ; C4 - C2 5 7 1 ; C4 - C6 5 10 1 ; C4 - C9 5 16 1 ; C4 - H1 5 20 1 ; C4 - H5 6 8 1 ; C5 - C7 6 14 1 ; C5 - C13 6 17 1 ; C5 - H2 6 19 1 ; C5 - H4 7 9 1 ; C6 - C8 7 12 1 ; C6 - C11 7 14 1 ; C6 - C13 7 17 1 ; C6 - H2 7 21 1 ; C6 - H6 8 13 1 ; C7 - C12 8 20 1 ; C7 - H5 8 22 1 ; C7 - H7 8 24 1 ; C7 - H9 9 11 1 ; C8 - C10 9 13 1 ; C8 - C12 9 18 1 ; C8 - H3 9 24 1 ; C8 - H9 10 12 1 ; C9 - C11 10 19 1 ; C9 - H4 10 21 1 ; C9 - H6 10 23 1 ; C9 - H8 11 14 1 ; C10 - C13 11 19 1 ; C10 - H4 11 23 1 ; C10 - H8 12 24 1 ; C11 - H9 13 21 1 ; C12 - H6 14 20 1 ; C13 - H5 14 22 1 ; C13 - H7 15 3 1 ; H - C2 15 6 1 ; H - C5 15 16 1 ; H - H1 15 18 1 ; H - H3 16 17 1 ; H1 - H2 21 22 1 ; H6 - H7 22 23 1 ; H7 - H8 23 24 1 ; H8 - H9 [angles] ; ai aj ak funct theta cth 1 2 3 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C - C1 - C2 1 2 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C - C1 - H1 1 5 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C - C4 - C5 1 5 18 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C - C4 - H3 2 1 5 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C1 - C - C4 2 1 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C1 - C - H 2 3 4 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C1 - C2 - C3 2 3 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C1 - C2 - H2 3 2 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C2 - C1 - H1 3 4 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C2 - C3 - C5 3 4 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C2 - C3 - C6 4 3 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C3 - C2 - H2 4 6 5 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C3 - C5 - C4 4 6 9 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C3 - C5 - C8 4 7 8 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C3 - C6 - C7 4 7 19 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C3 - C6 - H4 5 1 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C4 - C - H 5 6 9 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C4 - C5 - C8 6 4 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C5 - C3 - C6 6 5 18 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C5 - C4 - H3 6 9 10 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C5 - C8 - C9 6 9 20 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C5 - C8 - H5 7 8 10 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C6 - C7 - C9 7 8 11 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C6 - C7 - C10 8 7 19 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C6 - H4 8 10 9 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C9 - C8 8 10 14 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C9 - C13 8 11 12 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C10 - C11 8 11 21 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C10 - H6 9 10 14 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C8 - C9 - C13 10 8 11 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C9 - C7 - C10 10 9 20 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C9 - C8 - H5 10 14 13 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C9 - C13 - C12 10 14 24 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C9 - C13 - H9 11 12 13 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C10 - C11 - C12 11 12 22 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C10 - C11 - H7 12 11 21 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C11 - C10 - H6 12 13 14 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C11 - C12 - C13 12 13 23 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C11 - C12 - H8 13 12 22 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C12 - C11 - H7 13 14 24 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C12 - C13 - H9 14 13 23 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C13 - C12 - H8 [dihedrals] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l func phase kd pn 1 2 3 4 9 180.00 15.16700 2 ; C- C1- C2- C3 1 2 3 17 9 180.00 15.16700 2 ; C- C1- C2- H2 1 5 6 4 9 180.00 15.16700 2 ; C- C4- C5- C3 1 5 6 9 9 180.00 15.16700 2 ; C- C4- C5- C8 2 1 5 6 9 180.00 15.16700 2 ; C1- C- C4- C5 2 1 5 18 9 180.00 15.16700 2 ; C1- C- C4- H3 2 3 4 6 9 180.00 15.16700 2 ; C1- C2- C3- C5 2 3 4 7 9 180.00 15.16700 2 ; C1- C2- C3- C6 3 4 6 5 9 180.00 15.16700 2 ; C2- C3- C5- C4 3 4 6 9 9 180.00 15.16700 2 ; C2- C3- C5- C8 3 4 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C2- C3- C6- C7 3 4 7 19 9 180.00 15.16700 2 ; C2- C3- C6- H4 4 3 2 16 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C2- C1- H1 4 6 5 18 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C5- C4- H3 4 6 9 10 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C5- C8- C9 4 6 9 20 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C5- C8- H5 4 7 8 10 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C6- C7- C9 4 7 8 11 9 180.00 15.16700 2 ; C3- C6- C7- C10 5 1 2 3 9 180.00 15.16700 2 ; C4- C- C1- C2 5 1 2 16 9 180.00 15.16700 2 ; C4- C- C1- H1 5 6 4 7 9 180.00 15.16700 2 ; C4- C5- C3- C6 5 6 9 10 9 180.00 15.16700 2 ; C4- C5- C8- C9 5 6 9 20 9 180.00 15.16700 2 ; C4- C5- C8- H5 6 4 3 17 9 180.00 15.16700 2 ; C5- C3- C2- H2 6 4 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C5- C3- C6- C7 6 4 7 19 9 180.00 15.16700 2 ; C5- C3- C6- H4 6 9 10 8 9 180.00 15.16700 2 ; C5- C8- C9- C7 6 9 10 14 9 180.00 15.16700 2 ; C5- C8- C9- C13 7 4 3 17 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C3- C2- H2 7 4 6 9 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C3- C5- C8 7 8 10 9 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C7- C9- C8 7 8 10 14 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C7- C9- C13 7 8 11 12 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C7- C10- C11 7 8 11 21 9 180.00 15.16700 2 ; C6- C7- C10- H6 8 10 9 20 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C9- C8- H5 8 10 14 13 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C9- C13- C12 8 10 14 24 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C9- C13- H9 8 11 12 13 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C10- C11- C12 8 11 12 22 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C10- C11- H7 9 6 5 18 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C5- C4- H3 9 10 8 11 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C7- C10 9 10 14 13 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C13- C12 9 10 14 24 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C13- H9 10 8 7 19 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C7- C6- H4 10 8 11 12 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C7- C10- C11 10 8 11 21 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C7- C10- H6 10 14 13 12 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C13- C12- C11 10 14 13 23 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C13- C12- H8 11 8 7 19 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C7- C6- H4 11 8 10 14 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C7- C9- C13 11 12 13 14 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C11- C12- C13 11 12 13 23 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C11- C12- H8 12 13 14 24 9 180.00 15.16700 2 ; C11- C12- C13- H9 13 12 11 21 9 180.00 15.16700 2 ; C12- C11- C10- H6 14 10 9 20 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C9- C8- H5 14 13 12 22 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C12- C11- H7 15 1 2 3 9 180.00 15.16700 2 ; H- C- C1- C2 15 1 2 16 9 180.00 15.16700 2 ; H- C- C1- H1 15 1 5 6 9 180.00 15.16700 2 ; H- C- C4- C5 15 1 5 18 9 180.00 15.16700 2 ; H- C- C4- H3 16 2 3 17 9 180.00 15.16700 2 ; H1- C1- C2- H2 21 11 12 22 9 180.00 15.16700 2 ; H6- C10- C11- H7 22 12 13 23 9 180.00 15.16700 2 ; H7- C11- C12- H8 23 13 14 24 9 180.00 15.16700 2 ; H8- C12- C13- H9 [dihedrals] ; impropers ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l func phase kd pn 1 3 2 16 4 180.00 4.60240 2 ; C- C2- C1- H1 1 6 5 18 4 180.00 4.60240 2 ; C- C5- C4- H3 2 4 3 17 4 180.00 4.60240 2 ; C1- C3- C2- H2 3 6 4 7 4 180.00 4.60240 2 ; C2- C5- C3- C6 4 5 6 9 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C4- C5- C8 4 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C6- H4 6 10 9 20 4 180.00 4.60240 2 ; C5- C9- C8- H5 7 10 8 11 4 180.00 4.60240 2 ; C6- C9- C7- C10 8 9 10 14 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C8- C9- C13 8 12 11 21 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C11- C10- H6 10 13 14 24 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C12- C13- H9 11 13 12 22 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C12- C11- H7 12 14 13 23 4 180.00 4.60240 2 ; C11- C13- C12- H8 15 1 5 2 4 180.00 4.60240 2 ; H- C- C4- C1