I gave the command “gmx make_ndx -f step6.2_equilibration.tpr -o sn1.ndx” and select POPS where I have [ POPS ]
13203 13204 13205 13206 13207 13208 13209 13210 13211 13212 13213 13214 13215 13216 13217
13218 13219 13220 13221 13222 13223 13224 13225 13226 13227 13228 13229 13230 13231 13232
13233 13234 13235 13236 13237 13238 13239 13240 13241 13242 13243 13244 13245 13246 13247
13248 13249 13250 13251 13252 13253 13254 13255 13256 13257 13258 13259 13260 13261 13262
13263 13264 13265 13266 13267 13268 13269 13270 13271 13272 13273 13274 13275 13276 13277
13278 13279 13280 13281 13282 13283 13284 13285 13286 13287 13288 13289 13290 13291 13292
13293 13294 13295 13296 13297 13298 13299 13300 13301 13302 13303 13304 13305 13306 13307
13308 13309 13310 13311 13312 13313 13314 13315 13316 13317 13318 13319 13320 13321 13322
13323 13324 13325 13326 13327 13328 13329 13330 13331 13332 13333 13334 13335 13336 13337
13338 13339 13340 13341 13342 13343 13344 13345 13346 13347 13348 13349 13350 13351 13352
13353 13354 13355 13356 13357 13358 13359 13360 13361 13362 13363 13364 13365 13366 13367
13368 13369 13370 13371 13372 13373 13374 13375 13376 13377 13378 13379 13380 13381 13382
13383 13384 13385 13386 13387 13388 13389 13390 13391 13392 13393 13394 13395 13396 13397
13398 13399 13400 13401 13402 13403 13404 13405 13406 13407 13408 13409 13410 13411 13412
13413 13414 13415 13416 13417 13418 13419 13420 13421 13422 13423 13424 13425 13426 13427
13428 13429 13430 13431 13432 13433 13434 13435 13436 13437 13438 13439 13440 13441 13442
13443 13444 13445 13446 13447 13448 13449 13450 13451 13452 13453 13454 13455 13456 13457
13458 13459 13460 13461 13462 13463 13464 13465 13466 13467 13468 13469 13470 13471 13472
13473 13474 13475 13476 13477 13478 13479 13480 13481 13482 13483 13484 13485 13486 13487
13488 13489 13490 13491 13492 13493 13494 13495 13496 13497 13498 13499 13500 13501 13502
13503 13504 13505 13506 13507 13508 13509 13510 13511 13512 13513 13514 13515 13516 13517
13518 13519 13520 13521 13522 13523 13524 13525 13526 13527 13528 13529 13530 13531 13532
13533 13534 13535 13536 13537 13538 13539 13540 13541 13542 13543 13544 13545 13546 13547
13548 13549 13550 13551 13552 13553 13554 13555 13556 13557 13558 13559 13560 13561 13562
13563 13564 13565 13566 13567 13568 13569 13570 13571 13572 13573 13574 13575 13576 13577
13578 13579 13580 13581 13582 13583 13584 13585 13586 13587 13588 13589 13590 13591 13592
13593 13594 13595 13596 13597 13598 13599 13600 13601 13602 13603 13604 13605 13606 13607
13608 13609 13610 13611 13612 13613 13614 13615 13616 13617 13618 13619 13620 13621 13622
13623 13624 13625 13626 13627 13628 13629 13630 13631 13632 13633 13634 13635 13636 13637
13638 13639 13640 13641 13642 13643 13644 13645 13646 13647 13648 13649 13650 13651 13652
13653 13654 13655 13656 13657 13658 13659 13660 13661 13662 13663 13664 13665 13666 13667
13668 13669 13670 13671 13672 13673 13674 13675 13676 13677 13678 13679 13680 13681 13682
13683 13684 13685 13686 13687 13688 13689 13690 13691 13692 13693 13694 13695 13696 13697
13698 13699 13700 13701 13702 13703 13704 13705 13706 13707 13708 13709 13710 13711 13712
13713 13714 13715 13716 13717 13718 13719 13720 13721 13722 13723 13724 13725 13726 13727
13728 13729 13730 13731 13732 13733 13734 13735 13736 13737 13738 13739 13740 13741 13742
13743 13744 13745 13746 13747 13748 13749 13750 13751 13752 13753 13754 13755 13756 13757
13758 13759 13760 13761 13762 13763 13764 13765 13766 13767 13768 13769 13770 13771 13772
13773 13774 13775 13776 13777 13778 13779 13780 13781 13782 13783 13784 13785 13786 13787
13788 13789 13790 13791 13792 13793 13794 13795 13796 13797 13798 13799 13800 13801 13802
13803 13804 13805 13806 13807 13808 13809 13810 13811 13812 13813 13814 13815 13816 13817
13818 13819 13820 13821 13822 13823 13824 13825 13826 13827 13828 13829 13830 13831 13832
13833 13834 13835 13836 13837 13838 13839 13840 13841 13842 13843 13844 13845 13846 13847
13848 13849 13850 13851 13852 13853 13854 13855 13856 13857 13858 13859 13860 13861 13862
13863 13864 13865 13866 13867 13868 13869 13870 13871 13872 13873 13874 13875 13876 13877
13878 13879 13880 13881 13882 13883 13884 13885 13886 13887 13888 13889 13890 13891 13892
13893 13894 13895 13896 13897 13898 13899 13900 13901 13902 13903 13904 13905 13906 13907
13908 13909 13910 13911 13912 13913 13914 13915 13916 13917 13918 13919 13920 13921 13922
13923 13924 13925 13926 13927 13928 13929 13930 13931 13932 13933 13934 13935 13936 13937
13938 13939 13940 13941 13942 13943 13944 13945 13946 13947 13948 13949 13950 13951 13952
13953 13954 13955 13956 13957 13958 13959 13960 13961 13962 13963 13964 13965 13966 13967
13968 13969 13970 13971 13972 13973 13974 13975 13976 13977 13978 13979 13980 13981 13982
13983 13984 13985 13986 13987 13988 13989 13990 13991 13992 13993 13994 13995 13996 13997
13998 13999 14000 14001 14002 14003 14004 14005 14006 14007 14008 14009 14010 14011 14012
14013 14014 14015 14016 14017 14018 14019 14020 14021 14022 14023 14024 14025 14026 14027
14028 14029 14030 14031 14032 14033 14034 14035 14036 14037 14038 14039 14040 14041 14042
14043 14044 14045 14046 14047 14048 14049 14050 14051 14052 14053 14054 14055 14056 14057
14058 14059 14060 14061 14062 14063 14064 14065 14066 14067 14068 14069 14070 14071 14072
14073 14074 14075 14076 14077 14078 14079 14080 14081 14082 14083 14084 14085 14086 14087
14088 14089 14090 14091 14092 14093 14094 14095 14096 14097 14098 14099 14100 14101 14102
14103 14104 14105 14106 14107 14108 14109 14110 14111 14112 14113 14114 14115 14116 14117
14118 14119 14120 14121 14122 14123 14124 14125 14126 14127 14128 14129 14130 14131 14132
14133 14134 14135 14136 14137 14138 14139 14140 14141 14142 14143 14144 14145 14146 14147
14148 14149 14150 14151 14152 14153 14154 14155 14156 14157 14158 14159 14160 14161 14162
14163 14164 14165 14166 14167 14168 14169 14170 14171 14172 14173 14174 14175 14176 14177
14178 14179 14180 14181 14182 14183 14184 14185 14186 14187 14188 14189 14190 14191 14192
14193 14194 14195 14196 14197 14198 14199 14200 14201 14202 14203 14204 14205 14206 14207
14208 14209 14210 14211 14212 14213 14214 14215 14216 14217 14218 14219 14220 14221 14222
14223 14224 14225 14226 14227 14228 14229 14230 14231 14232 14233 14234 14235 14236 14237
14238 14239 14240 14241 14242 14243 14244 14245 14246 14247 14248 14249 14250 14251 14252
14253 14254 14255 14256 14257 14258 14259 14260 14261 14262 14263 14264 14265 14266 14267
14268 14269 14270 14271 14272 14273 14274 14275 14276 14277 14278 14279 14280 14281 14282
14283 14284 14285 14286 14287 14288 14289 14290 14291 14292 14293 14294 14295 14296 14297
14298 14299 14300 14301 14302 14303 14304 14305 14306 14307 14308 14309 14310 14311 14312
14313 14314 14315 14316 14317 14318 14319 14320 14321 14322 14323 14324 14325 14326 14327
14328 14329 14330 14331 14332 14333 14334 14335 14336 14337 14338 14339 14340 14341 14342
14343 14344 14345 14346 14347 14348 14349 14350 14351 14352 14353 14354 14355 14356 14357
14358 14359 14360 14361 14362 14363 14364 14365 14366 14367 14368 14369 14370 14371 14372
14373 14374 14375 14376 14377 14378 14379 14380 14381 14382 14383 14384 14385 14386 14387
14388 14389 14390 14391 14392 14393 14394 14395 14396 14397 14398 14399 14400 14401 14402
14403 14404 14405 14406 14407 14408 14409 14410 14411 14412 14413 14414 14415 14416 14417
14418 14419 14420 14421 14422 14423 14424 14425 14426 14427 14428 14429 14430 14431 14432
14433 14434 14435 14436 14437 14438 14439 14440 14441 14442 14443 14444 14445 14446 14447
14448 14449 14450 14451 14452 14453 14454 14455 14456 14457 14458 14459 14460 14461 14462
14463 14464 14465 14466 14467 14468 14469 14470 14471 14472
and after that I give “gmx order -s step6.2_equilibration.tpr -f step6.2_equilibration.xtc -n sn1.ndx -d z -od deuter_sn1.xvg” command but deuter_sn1.xvg file is empty.