GROMACS version: 2021.2
GROMACS modification: No
Hi All,
I’m trying to simulate a complex of a protein bound to a small molecule from the Protein Data Bank.
I parameterized the small molecule using acpype (see the head of the itp file below).
During the first steps of equilibration grompp gives the following note:
The bond in molecule-type MOL between atoms 60 C32 and 61 C33 has an
estimated oscillational period of 1.9e-02 ps, which is less than 10 times
the time step of 2.0e-03 ps.
Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
I do not want to set constraints to “all-bonds”. I also know that setting dt to 1 fs will make this note go away, but I was wondering if there are other solutions.
I tried to use different force-fields and parameters (Charmm and OPLS) but it doesn’t make a difference.
Any thoughts would be much appreciated!
Cheers.
The itp file:
[ moleculetype ]
;name nrexcl
MOL 3
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 ca 1 MOL C22 1 -0.150000 12.01000 ; qtot -0.150
2 ha 1 MOL HC22 1 0.172000 1.00800 ; qtot 0.022
3 ca 1 MOL C21 2 -0.075000 12.01000 ; qtot -0.053
4 ha 1 MOL HC21 2 0.158000 1.00800 ; qtot 0.105
5 ca 1 MOL C23 3 0.174900 12.01000 ; qtot 0.280
6 ca 1 MOL C20 4 0.014000 12.01000 ; qtot 0.294
7 ca 1 MOL C24 5 -0.033000 12.01000 ; qtot 0.261
8 ca 1 MOL C19 6 -0.022000 12.01000 ; qtot 0.239
9 ca 1 MOL C17 7 0.127100 12.01000 ; qtot 0.366
10 c3 1 MOL C14 8 -0.107400 12.01000 ; qtot 0.259
11 hc 1 MOL H141 8 0.103200 1.00800 ; qtot 0.362
12 hc 1 MOL H142 8 0.103200 1.00800 ; qtot 0.465
13 c3 1 MOL C13 9 0.171300 12.01000 ; qtot 0.636
14 h1 1 MOL H131 9 0.103200 1.00800 ; qtot 0.740
15 h1 1 MOL H132 9 0.103200 1.00800 ; qtot 0.843
16 ca 1 MOL C18 10 -0.174000 12.01000 ; qtot 0.669
17 ha 1 MOL HC18 10 0.157000 1.00800 ; qtot 0.826
18 ca 1 MOL C01 11 -0.381900 12.01000 ; qtot 0.444
19 ca 1 MOL C02 12 0.430600 12.01000 ; qtot 0.874
20 ca 1 MOL C03 13 0.853300 12.01000 ; qtot 1.728
21 ca 1 MOL C04 14 0.710200 12.01000 ; qtot 2.438
22 ca 1 MOL C05 15 0.441200 12.01000 ; qtot 2.879
23 h4 1 MOL HC05 15 0.042100 1.00800 ; qtot 2.921
24 cp 1 MOL C06 16 0.515800 12.01000 ; qtot 3.437
25 ca 1 MOL C07 17 -0.032700 12.01000 ; qtot 3.404
26 cp 1 MOL C08 18 -0.150500 12.01000 ; qtot 3.254
27 c3 1 MOL C09 19 0.124400 12.01000 ; qtot 3.378
28 h1 1 MOL H091 19 0.100700 1.00800 ; qtot 3.479
29 h1 1 MOL H092 19 0.100700 1.00800 ; qtot 3.580
30 c3 1 MOL C10 20 0.171300 12.01000 ; qtot 3.751
31 h1 1 MOL H101 20 0.103200 1.00800 ; qtot 3.854
32 h1 1 MOL H102 20 0.103200 1.00800 ; qtot 3.957
33 c3 1 MOL C11 21 0.109000 12.01000 ; qtot 4.066
34 hx 1 MOL HC11 21 0.135700 1.00800 ; qtot 4.202
35 c3 1 MOL C12 22 0.109000 12.01000 ; qtot 4.311
36 hx 1 MOL HC12 22 0.135700 1.00800 ; qtot 4.447
37 c3 1 MOL C15 23 -0.107400 12.01000 ; qtot 4.339
38 hc 1 MOL H151 23 0.103200 1.00800 ; qtot 4.442
39 hc 1 MOL H152 23 0.103200 1.00800 ; qtot 4.546
40 ca 1 MOL C16 24 -0.093000 12.01000 ; qtot 4.453
41 ha 1 MOL HC16 24 0.156000 1.00800 ; qtot 4.609
42 c3 1 MOL C25 25 0.121200 12.01000 ; qtot 4.730
43 c3 1 MOL C26 26 -0.126400 12.01000 ; qtot 4.603
44 hc 1 MOL H261 26 0.100700 1.00800 ; qtot 4.704
45 hc 1 MOL H262 26 0.100700 1.00800 ; qtot 4.805
46 c3 1 MOL C27 27 0.176600 12.01000 ; qtot 4.981
47 h1 1 MOL HC27 27 0.115700 1.00800 ; qtot 5.097
48 c3 1 MOL C28 28 0.074800 12.01000 ; qtot 5.172
49 hx 1 MOL H281 28 0.126200 1.00800 ; qtot 5.298
50 hx 1 MOL H282 28 0.126200 1.00800 ; qtot 5.424
51 c3 1 MOL C29 29 0.115800 12.01000 ; qtot 5.540
52 hx 1 MOL H291 29 0.108200 1.00800 ; qtot 5.648
53 hx 1 MOL H292 29 0.108200 1.00800 ; qtot 5.757
54 c3 1 MOL C30 30 -0.100400 12.01000 ; qtot 5.656
55 hc 1 MOL H301 30 0.095700 1.00800 ; qtot 5.752
56 hc 1 MOL H302 30 0.095700 1.00800 ; qtot 5.848
57 c3 1 MOL C31 31 -0.096400 12.01000 ; qtot 5.751
58 hc 1 MOL H311 31 0.096700 1.00800 ; qtot 5.848
59 hc 1 MOL H312 31 0.096700 1.00800 ; qtot 5.945
60 cg 1 MOL C32 32 -0.102000 12.01000 ; qtot 5.843
61 c1 1 MOL C33 33 -0.163500 12.01000 ; qtot 5.679
62 ha 1 MOL HC33 33 0.163500 1.00800 ; qtot 5.843
63 f 1 MOL F01 34 -0.104900 19.00000 ; qtot 5.738
64 f 1 MOL F02 35 -0.205300 19.00000 ; qtot 5.532
65 f 1 MOL F23 36 -0.117900 19.00000 ; qtot 5.414
66 nb 1 MOL N01 37 -0.738000 14.01000 ; qtot 4.676
67 nb 1 MOL N02 38 -0.753000 14.01000 ; qtot 3.923
68 nb 1 MOL N03 39 -0.597000 14.01000 ; qtot 3.326
69 nh 1 MOL N04 40 -0.763300 14.01000 ; qtot 2.563
70 ny 1 MOL N05 41 -0.785000 14.01000 ; qtot 1.778
71 hn 1 MOL H051 41 0.463800 1.00800 ; qtot 2.242
72 hn 1 MOL H052 41 0.463800 1.00800 ; qtot 2.706
73 nx 1 MOL N06 42 -0.679400 14.01000 ; qtot 2.026
74 hn 1 MOL HN06 42 0.467800 1.00800 ; qtot 2.494
75 os 1 MOL O01 43 -0.444100 16.00000 ; qtot 2.050
76 oh 1 MOL O02 44 -0.487100 16.00000 ; qtot 1.563
77 ho 1 MOL HO02 44 0.437000 1.00800 ; qtot 2.000
[ bonds ]
; ai aj funct r k
1 2 1 1.0860e-01 3.3112e+05 ; C22 - HC22
1 3 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C22 - C21
1 5 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C22 - C23
3 4 1 1.0860e-01 3.3112e+05 ; C21 - HC21
3 8 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C21 - C19
5 7 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C23 - C24
5 65 1 1.3490e-01 2.9589e+05 ; C23 - F23
6 7 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C20 - C24
6 8 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C20 - C19
6 26 1 1.4060e-01 3.0828e+05 ; C20 - C08
7 60 1 1.4330e-01 2.7957e+05 ; C24 - C32
8 16 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C19 - C18
9 16 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C17 - C18
9 40 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C17 - C16
9 76 1 1.3640e-01 3.0593e+05 ; C17 - O02
10 11 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C14 - H141
10 12 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C14 - H142
10 35 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C14 - C12
10 37 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C14 - C15
13 14 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C13 - H131
13 15 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C13 - H132
13 35 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C13 - C12
13 69 1 1.4640e-01 2.1907e+05 ; C13 - N04
16 17 1 1.0860e-01 3.3112e+05 ; C18 - HC18
18 19 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C01 - C02
18 21 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C01 - C04
18 22 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C01 - C05
19 25 1 1.3980e-01 3.1681e+05 ; C02 - C07
19 66 1 1.3390e-01 3.4660e+05 ; C02 - N01
20 66 1 1.3390e-01 3.4660e+05 ; C03 - N01
20 67 1 1.3390e-01 3.4660e+05 ; C03 - N02
20 75 1 1.3700e-01 2.9916e+05 ; C03 - O01
21 67 1 1.3390e-01 3.4660e+05 ; C04 - N02
21 69 1 1.3860e-01 2.9045e+05 ; C04 - N04
22 23 1 1.0890e-01 3.2644e+05 ; C05 - HC05
22 68 1 1.3390e-01 3.4660e+05 ; C05 - N03
24 25 1 1.4060e-01 3.0828e+05 ; C06 - C07
24 26 1 1.4850e-01 2.3230e+05 ; C06 - C08
24 68 1 1.3390e-01 3.4702e+05 ; C06 - N03
25 63 1 1.3490e-01 2.9589e+05 ; C07 - F01
26 40 1 1.4060e-01 3.0828e+05 ; C08 - C16
27 28 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C09 - H091
27 29 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C09 - H092
27 42 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C09 - C25
27 75 1 1.4320e-01 2.3832e+05 ; C09 - O01
30 31 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C10 - H101
30 32 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C10 - H102
30 33 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C10 - C11
30 69 1 1.4640e-01 2.1907e+05 ; C10 - N04
33 34 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C11 - HC11
33 37 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C11 - C15
33 70 1 1.5110e-01 1.8627e+05 ; C11 - N05
35 36 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C12 - HC12
35 70 1 1.5110e-01 1.8627e+05 ; C12 - N05
37 38 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C15 - H151
37 39 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C15 - H152
40 41 1 1.0860e-01 3.3112e+05 ; C16 - HC16
42 43 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C25 - C26
42 57 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C25 - C31
42 73 1 1.5110e-01 1.8627e+05 ; C25 - N06
43 44 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C26 - H261
43 45 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C26 - H262
43 46 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C26 - C27
46 47 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C27 - HC27
46 48 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C27 - C28
46 64 1 1.3500e-01 2.9506e+05 ; C27 - F02
48 49 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C28 - H281
48 50 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C28 - H282
48 73 1 1.5110e-01 1.8627e+05 ; C28 - N06
51 52 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C29 - H291
51 53 1 1.0910e-01 3.2342e+05 ; C29 - H292
51 54 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C29 - C30
51 73 1 1.5110e-01 1.8627e+05 ; C29 - N06
54 55 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C30 - H301
54 56 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C30 - H302
54 57 1 1.5380e-01 1.9456e+05 ; C30 - C31
57 58 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C31 - H311
57 59 1 1.0970e-01 3.1455e+05 ; C31 - H312
60 61 1 1.2160e-01 6.5003e+05 ; C32 - C33
61 62 1 1.0670e-01 3.6292e+05 ; C33 - HC33
70 71 1 1.0300e-01 4.0409e+05 ; N05 - H051
70 72 1 1.0300e-01 4.0409e+05 ; N05 - H052
73 74 1 1.0300e-01 4.0409e+05 ; N06 - HN06
76 77 1 9.7300e-02 4.7154e+05 ; O02 - HO02
[ pairs ]
; ai aj funct
1 6 1 ; C22 - C20
1 16 1 ; C22 - C18
1 60 1 ; C22 - C32
2 4 1 ; HC22 - HC21
2 7 1 ; HC22 - C24
2 8 1 ; HC22 - C19
2 65 1 ; HC22 - F23
3 7 1 ; C21 - C24
3 9 1 ; C21 - C17
3 17 1 ; C21 - HC18
3 26 1 ; C21 - C08
3 65 1 ; C21 - F23
5 4 1 ; C23 - HC21
5 8 1 ; C23 - C19
5 26 1 ; C23 - C08
5 61 1 ; C23 - C33
6 4 1 ; C20 - HC21
6 9 1 ; C20 - C17
6 17 1 ; C20 - HC18
6 25 1 ; C20 - C07
6 41 1 ; C20 - HC16
6 61 1 ; C20 - C33
6 65 1 ; C20 - F23
6 68 1 ; C20 - N03
7 16 1 ; C24 - C18
7 24 1 ; C24 - C06
7 40 1 ; C24 - C16
7 62 1 ; C24 - HC33
8 24 1 ; C19 - C06
8 40 1 ; C19 - C16
8 60 1 ; C19 - C32
8 76 1 ; C19 - O02
9 24 1 ; C17 - C06
10 14 1 ; C14 - H131
10 15 1 ; C14 - H132
10 30 1 ; C14 - C10
10 34 1 ; C14 - HC11
10 69 1 ; C14 - N04
10 71 1 ; C14 - H051
10 72 1 ; C14 - H052
11 36 1 ; H141 - HC12
11 38 1 ; H141 - H151
11 39 1 ; H141 - H152
12 36 1 ; H142 - HC12
12 38 1 ; H142 - H151
12 39 1 ; H142 - H152
13 11 1 ; C13 - H141
13 12 1 ; C13 - H142
13 18 1 ; C13 - C01
13 31 1 ; C13 - H101
13 32 1 ; C13 - H102
13 33 1 ; C13 - C11
13 37 1 ; C13 - C15
13 67 1 ; C13 - N02
13 71 1 ; C13 - H051
13 72 1 ; C13 - H052
14 36 1 ; H131 - HC12
15 36 1 ; H132 - HC12
16 4 1 ; C18 - HC21
16 26 1 ; C18 - C08
16 41 1 ; C18 - HC16
16 77 1 ; C18 - HO02
18 20 1 ; C01 - C03
18 24 1 ; C01 - C06
18 30 1 ; C01 - C10
18 63 1 ; C01 - F01
19 23 1 ; C02 - HC05
19 26 1 ; C02 - C08
19 67 1 ; C02 - N02
19 68 1 ; C02 - N03
19 69 1 ; C02 - N04
19 75 1 ; C02 - O01
20 25 1 ; C03 - C07
20 28 1 ; C03 - H091
20 29 1 ; C03 - H092
20 42 1 ; C03 - C25
20 69 1 ; C03 - N04
21 14 1 ; C04 - H131
21 15 1 ; C04 - H132
21 23 1 ; C04 - HC05
21 25 1 ; C04 - C07
21 31 1 ; C04 - H101
21 32 1 ; C04 - H102
21 33 1 ; C04 - C11
21 35 1 ; C04 - C12
21 66 1 ; C04 - N01
21 68 1 ; C04 - N03
21 75 1 ; C04 - O01
22 25 1 ; C05 - C07
22 26 1 ; C05 - C08
22 66 1 ; C05 - N01
22 67 1 ; C05 - N02
22 69 1 ; C05 - N04
24 23 1 ; C06 - HC05
24 41 1 ; C06 - HC16
24 66 1 ; C06 - N01
25 40 1 ; C07 - C16
26 60 1 ; C08 - C32
26 63 1 ; C08 - F01
26 76 1 ; C08 - O02
27 44 1 ; C09 - H261
27 45 1 ; C09 - H262
27 46 1 ; C09 - C27
27 48 1 ; C09 - C28
27 51 1 ; C09 - C29
27 54 1 ; C09 - C30
27 58 1 ; C09 - H311
27 59 1 ; C09 - H312
27 66 1 ; C09 - N01
27 67 1 ; C09 - N02
27 74 1 ; C09 - HN06
30 14 1 ; C10 - H131
30 15 1 ; C10 - H132
30 35 1 ; C10 - C12
30 38 1 ; C10 - H151
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30 67 1 ; C10 - N02
30 71 1 ; C10 - H051
30 72 1 ; C10 - H052
31 34 1 ; H101 - HC11
32 34 1 ; H102 - HC11
33 11 1 ; C11 - H141
33 12 1 ; C11 - H142
33 36 1 ; C11 - HC12
34 38 1 ; HC11 - H151
34 39 1 ; HC11 - H152
34 71 1 ; HC11 - H051
34 72 1 ; HC11 - H052
35 34 1 ; C12 - HC11
35 38 1 ; C12 - H151
35 39 1 ; C12 - H152
36 71 1 ; HC12 - H051
36 72 1 ; HC12 - H052
37 31 1 ; C15 - H101
37 32 1 ; C15 - H102
37 36 1 ; C15 - HC12
37 69 1 ; C15 - N04
37 71 1 ; C15 - H051
37 72 1 ; C15 - H052
40 17 1 ; C16 - HC18
40 68 1 ; C16 - N03
40 77 1 ; C16 - HO02
42 47 1 ; C25 - HC27
42 49 1 ; C25 - H281
42 50 1 ; C25 - H282
42 52 1 ; C25 - H291
42 53 1 ; C25 - H292
42 55 1 ; C25 - H301
42 56 1 ; C25 - H302
42 64 1 ; C25 - F02
43 28 1 ; C26 - H091
43 29 1 ; C26 - H092
43 49 1 ; C26 - H281
43 50 1 ; C26 - H282
43 51 1 ; C26 - C29
43 54 1 ; C26 - C30
43 58 1 ; C26 - H311
43 59 1 ; C26 - H312
43 74 1 ; C26 - HN06
43 75 1 ; C26 - O01
44 47 1 ; H261 - HC27
45 47 1 ; H262 - HC27
46 51 1 ; C27 - C29
46 57 1 ; C27 - C31
46 74 1 ; C27 - HN06
47 49 1 ; HC27 - H281
47 50 1 ; HC27 - H282
48 44 1 ; C28 - H261
48 45 1 ; C28 - H262
48 52 1 ; C28 - H291
48 53 1 ; C28 - H292
48 54 1 ; C28 - C30
48 57 1 ; C28 - C31
49 74 1 ; H281 - HN06
50 74 1 ; H282 - HN06
51 49 1 ; C29 - H281
51 50 1 ; C29 - H282
51 58 1 ; C29 - H311
51 59 1 ; C29 - H312
52 55 1 ; H291 - H301
52 56 1 ; H291 - H302
52 74 1 ; H291 - HN06
53 55 1 ; H292 - H301
53 56 1 ; H292 - H302
53 74 1 ; H292 - HN06
54 74 1 ; C30 - HN06
55 58 1 ; H301 - H311
55 59 1 ; H301 - H312
56 58 1 ; H302 - H311
56 59 1 ; H302 - H312
57 28 1 ; C31 - H091
57 29 1 ; C31 - H092
57 44 1 ; C31 - H261
57 45 1 ; C31 - H262
57 52 1 ; C31 - H291
57 53 1 ; C31 - H292
57 74 1 ; C31 - HN06
57 75 1 ; C31 - O01
60 65 1 ; C32 - F23
63 66 1 ; F01 - N01
63 68 1 ; F01 - N03
64 44 1 ; F02 - H261
64 45 1 ; F02 - H262
64 49 1 ; F02 - H281
64 50 1 ; F02 - H282
64 73 1 ; F02 - N06
69 34 1 ; N04 - HC11
69 36 1 ; N04 - HC12
69 70 1 ; N04 - N05
70 11 1 ; N05 - H141
70 12 1 ; N05 - H142
70 14 1 ; N05 - H131
70 15 1 ; N05 - H132
70 31 1 ; N05 - H101
70 32 1 ; N05 - H102
70 38 1 ; N05 - H151
70 39 1 ; N05 - H152
73 28 1 ; N06 - H091
73 29 1 ; N06 - H092
73 44 1 ; N06 - H261
73 45 1 ; N06 - H262
73 47 1 ; N06 - HC27
73 55 1 ; N06 - H301
73 56 1 ; N06 - H302
73 58 1 ; N06 - H311
73 59 1 ; N06 - H312
73 75 1 ; N06 - O01
76 17 1 ; O02 - HC18
76 41 1 ; O02 - HC16